Formation - Bioinformatique pour l'analyse des séquences nucléiques et protéiques

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Environnement scientifique et technique de la formation

Centre de recherche en informatique, signal et automatique de Lille

- UMR 9189

RESPONSABLE

Hélène TOUZET

Directrice de recherche

UMR 9189

LIEU

LILLE (59)

ORGANISATION

21 h
De 5 à 10 stagiaires

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

Liste des ressources pédagogiques remises aux participants à l'issue de la formation : supports de cours, TD et TP au format dématérialisé, liste et mode d'accès de tous les logiciels libres utilisés lors de la formation
Tout au long de la formation, des cas pratiques ou exercices corrigés permettront à l'apprenant d'évaluer l'acquisition des compétences.

COÛT PÉDAGOGIQUE

1326 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

25028 : du mercredi 04/06/2025 au vendredi 06/06/2025 à LILLE

2025

Janvier	Février	Mars	Avril
Mai	Juin 25028	Juillet	Août
Sept	Oct	Nov	Déc

OBJECTIFS

Interroger les banques de données de séquences biologiques

Conduire une analyse de séquences par homologie

Annoter une séquence nucléique ou protéiques

Mettre en place un design d'amorces

Construire une phylogénie

PUBLIC

Chercheur, ingénieur ou technicien en biologie, santé et agro-alimentaire.

PRÉREQUIS

La formation demande des connaissances de base en biologie moléculaire (gène, génome, protéine) et l'habitude du travail sur ordinateur (traitement de texte, navigateur web). La formation est dispensée en français. Les logiciels présentés sont en anglais (documentation, interface).

PROGRAMME

Jour 1
- Banques généralistes pour les séquences nucléotidiques et protéiques : GenBank, RefSeq, Uniprot, PDB, Gene Ontology, KEGG, leurs différences et leurs spécificités, présentation des systèmes d'interrogation, formats des données, qualité des données
- Recherche de similarités entre séquences : alignement deux à deux, modèles de score, alignement global et local
- Recherche d'homologie avec BLAST : algorithme sous-jacent, paramètres, significativité et visualisation des résultats, déclinaisons en BLASTN, BLASTP et BLASTX

Jour 2
- Alignement multiple : approches progressives et itératives, Muscle et Clustal Omega
- Annotation structurale de séquences génomiques : recherche d'ORF, biais d'usage des codons, prédiction de séquences codantes et de gènes
- Conception d'amorces avec Primer3 et Primer-blast

Jour 3
- Annotations structurale et fonctionnelle de protéines : modélisation de motifs (matrices et HMM), recherche des domaines (InterProScan)
- Reconstruction phylogénétique : parcimonie, approches bayésiennes et maximum de vraisemblance, application avec Phylogenie.fr

EQUIPEMENT

Les stagiaires viendront avec leur propre PC. Connexion wifi fournie. Tous les logiciels sont fournis, sans installation préalable. Cela permet aux participants de repartir avec les supports de cours, les fiches et les données pour les exercices.

INTERVENANT

H. Touzet (directrice de recherche)

Avis des stagiaires

"L'insertion d'un peu plus de travaux pratiques pendant le formation aurait été un plus malgré un très bon équilibre entre la théorie et la pratique. Encadrantes très sympathiques, je recommande la formation." Aurélie G., Université

"Bon équilibre entre la théorie et la pratique. Tous les supports et liens sont disponibles après la formation ce qui est très utile." Anonyme

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