L'organisme de formation continue du CNRS
Accueil > Analyses Single Cell RNA-seq (ScRNA-seq) avec R

Formation - Analyses Single Cell RNA-seq (ScRNA-seq) avec R

Se préinscrire ou s'inscrire à cette formation Télécharger ces fiches
RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5095

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

2 jours
De 5 à 12 stagiaires

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

- Alternance de cours (50 %) et de travaux pratiques (50 %) basés sur des jeux de données réels
- 2 intervenants en simultané pour les TD
Tout au long de la formation, des QCM permettront aux stagiaires d'évaluer l'acquisition des compétences.
Un fichier au format PDF sera mis à disposition du stagiaire.

COÛT PÉDAGOGIQUE

1000 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DES SESSIONS

Les informations indiquées pour cette page sont valables pour la première session à venir.
Avant de s'inscrire à une autre session, téléchargez son programme car des modifications mineures peuvent y avoir été apportées.

24296 : du mardi 12/11/2024 au mercredi 13/11/2024 à BORDEAUX

25034 : du mardi 03/06/2025 au mercredi 04/06/2025 à BORDEAUX

25364 : du mardi 04/11/2025 au mercredi 05/11/2025 à BORDEAUX

2024
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept Oct Nov
24296		 Déc
2025
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin
25034		 Juillet Août
Sept Oct Nov
25364		 Déc
OBJECTIFS
-

Savoir expertiser et manipuler des données issues d'expériences Single Cell RNA-seq


-

Savoir mener une analyse différentielle à de multiples niveaux


-

Savoir intégrer des données complémentaires pour l'analyse Single Cell RNA-seq (spatial, trajectoire, cell communication, cell identification...)

PUBLICS
- Chercheurs, ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
- Toute personne souhaitant "exploiter" des données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques
PRÉREQUIS
Maîtrise du langage R
Avoir suivi le stage "Langage R : introduction" ou niveau équivalent.
Afin de vérifier que votre maîtrise du langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable ICI
PROGRAMME
Cette formation introduira notamment la librairie Seurat permettant la manipulation et l'analyse de données single Cell RNA-seq ainsi que la visualisation des résultats d'analyse

- Rappels des concepts du séquençage Single Cell RNA-seq
- Importation des données Single Cell dans R
- Intégration de données Single Cell multiples
- Quality Check et pré-traitement des données
- Normalisation de données
- Identification de marqueurs
- Clustering et assignation cellulaire
- Analyse différentielle des groupes cellulaires
- Savoir intégrer les données de spatialisation
- Savoir intégrer les données de trajectoire
- Savoir intégrer les données de communication cellulaire
- Savoir intégrer les données d'épigénétique (ATAC-seq)
EQUIPEMENT
Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.
INTERVENANTS
A. Barré et B. Dartigues (ingénieurs)