L'organisme de formation continue du CNRS
Accueil > Imaris : visualisation et quantification d'images 3D

Formation - Imaris : visualisation et quantification d'images 3D

Se préinscrire ou s'inscrire à cette formation Télécharger cette fiche
RESPONSABLES

Sébastien MARAIS

Ingénieur de recherche

UAR 3420

Sophie ALLART

Ingénieure de recherche

UMR 5051

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

3 jours
De 6 à 10 stagiaires

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

Programme alternant théorie et pratique personnalisée avec mise en application sur les images des stagiaires.
Chaque stagiaire travaille sur un ordinateur avec le logiciel et appliquera les notions au fil de l'eau.
Tout au long de la formation, des exercices corrigés permettront au stagiaire d'évaluer l'acquisition des connaissances.
Un fichier au format PDF sera mis à disposition du stagiaire.

COÛT PÉDAGOGIQUE

1200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

Nous consulter

2024
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept Oct Nov
24304		 Déc
NOUVEAU
OBJECTIFS
-

Découvrir les possibilités du logiciel de traitement et d'analyse d'images 3D Imaris


-

Acquérir les bases du traitement et de l'analyse des images 3D numériques en biologie

PUBLICS
Personnels techniques, chercheurs, doctorants ayant à traiter et analyser des acquisitions 3D obtenues en microscopie photonique ou électronique.
Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.
PRÉREQUIS
Etre à l'aise avec l'outil informatique
Etre utilisateur de systèmes de microscopie
PROGRAMME
La visualisation et l'analyse quantitative d'images 3D et 3D / temps, ainsi que la représentation des données de microscopie, seront mises en pratique grâce au logiciel commercial Imaris, mais également grâce à l'interface intégrée avec le logiciel libre ImageJ / FIJI. Les bases conceptuelles de l'analyse 3D des images seront également abordées.

- Introduction à l'image numérique 2D et 3D : images matricielles ou vectorielles
- Présentation d'Imaris et ses fonctionnalités
- Découverte de l'interface du logiciel et manipulations d'images simples
- Outils de visualisation 2D / 3D : Slices, Section, Ortho / oblique slicers, clipping plane, etc.
- Introduction au traitement d'images : filtrage, correction de fond, etc.
- Mesures simples : module Measurement Points
- Analyses de base : modules Surfaces et Spots
- Analyses avancées : modules Filaments, Tracking et Cells
- Module XT : lien avec ImageJ / FIJI et MatLab
- Représentations statistiques 2D/3D avec Vantage
- Extraction de données : Snapshots et création d'animations complexes

Les participants auront la possibilité d'envoyer leurs propres images aux formateurs avant le début de la formation. Celles-ci seront analysées durant les TP à des fins pédagogiques sous réserve de l'accord des formateurs.
EQUIPEMENT
Mise à disposition d'un ordinateur par stagiaire avec logiciels Imaris, FIJI, MATLAB Runtime