Formation - QuPath : analyse de coupes histologiques et autres larges images 2D (fluorescence, multiplex…)

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Environnement scientifique et technique de la formation

Institut Toulousain des maladies infectieuses et inflammatoires

- UMR 5051

RESPONSABLES

Simon LACHAMBRE

Ingénieure d'études

UMR 5051

Lhorane LOBJOIS

Ingénieur de recherche

UMR 5051

LIEU

TOULOUSE CEDEX (31)

ORGANISATION

14 h
12 stagiaires maximum

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

Alternance de présentations et de démonstrations.
Tout au long de la formation, des cas pratiques ou exercices corrigés permettront à l'apprenant d'évaluer l'acquisition des compétences.
A la fin de la formation, chaque participant repartira avec un support pédagogique reprenant les différents points de la formation.

COÛT PÉDAGOGIQUE

2200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

Nous consulter

NOUVEAU

OBJECTIFS

Maîtriser le logiciel QuPath afin de pouvoir visualiser et classifier différents types de données d'imagerie 2D (images multi-couleurs, immunohistochimie)

Acquérir les bases permettant de traiter des images et de les analyser afin de générer des données quantifiables

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs et techniciens du secteur de la biologie, de l'imagerie et de la santé.

PRÉREQUIS

Avoir déjà des bases d'analyse d'images, quel que soit le logiciel ; avoir des bases de microscopie photonique ; langue française

PROGRAMME

Séquence 1 : introduction au logiciel et analyse d'image
- Accueil et présentation de la formation
- Prise en main du logiciel
- Création d'annotations
- Analyse d'image par seuillage
- Introduction à l'intelligence artificielle pour l'analyse d'images
- Accompagnement personnalisé
- Démonstration par l'intervenant. Les participants manipulent le logiciel en parallèle

Séquence 2 : approfondissement et automatisation
- Analyse d'image par intelligence artificielle : classification d'objets
- Exportation des mesures
- Exercice pratique sur des images type
- Automatisation des tâches d'analyse
- Étude de cas concrets
- Démonstration par l'intervenant. Les participants manipulent le logiciel en parallèle

EQUIPEMENT

Les stagiaires devront amener leur propre ordinateur (avec souris si possible). L'installation du logiciel QuPath sera à faire en amont de la formation. Le procédé d'installation sera fourni par les organisateurs. Possibilité de le faire en visio.

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