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Formation - Analyses NGS avec R

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RESPONSABLE

Macha NIKOLSKI

Directrice de recherche

UMR 5095

LIEU

BORDEAUX (33)

ORGANISATION

2 jours ; de 6 à 12 stagiaires
Si inscription simultanée à cette formation et à la formation "Langage R : introduction" : 1750 € au lieu de 2000 € pour les deux stages

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

- Alternance de présentations (50 %) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 %)
- 2 intervenants en simultané pour les TD
Tout au long de la formation, des QCM permettront aux stagiaires d'évaluer l'acquisition des compétences.
Un fichier au format PDF sera mis à disposition du stagiaire.

COÛT PÉDAGOGIQUE

927 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires. Envoi d'une attestation de formation

DATES DES SESSIONS

Les informations indiquées pour cette page sont valables pour la première session à venir.
Avant de s'inscrire à une autre session, téléchargez son programme car des modifications mineures peuvent y avoir été apportées.

25036 : du jeudi 15/05/2025 au vendredi 16/05/2025 à BORDEAUX

25363 : du jeudi 25/09/2025 au vendredi 26/09/2025 à BORDEAUX

2025
Janvier Février Mars Avril
Mai
25036		 Juin Juillet Août
Sept
25363		 Oct Nov Déc
OBJECTIFS
-

Savoir analyser des séquences venant de reads NGS


-

Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-seq


-

Être capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissances

PUBLICS
- Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
- Toute personne souhaitant "exploiter" des données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques
PRÉREQUIS
Maîtrise du langage R
Avoir suivi le stage "Langage R : introduction" ou niveau équivalent.
Afin de vérifier que votre maîtrise du langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable ICI.
PROGRAMME
Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.

- Rappels des concepts du séquençage NGS
- Les outils d'annotation et de conversion d'identifiants
- L'analyse des reads et du résultat d'alignement
- L'analyse d'expression différentielle en RNA-seq
- Les techniques d'enrichissement
- Les outils de visualisation pour les NGS

La fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires.

Programme détaillé télécheargeable ICI
EQUIPEMENT
Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.
INTERVENANTS
A. Barré et B. Dartigues (ingénieurs)
Avis des stagiaires

"Très bonne formation, bien adaptée aux débutants. Formation dynamique et accessible. Formateurs très à l'écoute et très pédagogiques." Anonyme


"Intervenants de qualité, très formateurs! Le stage et son contenu étaient parfaiement en adéquation avec mes attentes, la session pratique a permis d'appliquer concrètement les analyses enseignées. Les deux jours de formation étaient néanmoins trop courts pour mon niveau." Emiko D., Institut de recherche privé

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