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Formation - Cytométrie en flux : analyses multidimensionnelles non supervisées avec FlowJo - Niveau expert

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut Toulousain des maladies infectieuses et inflammatoires

- UMR 5051
RESPONSABLE

Anne-Laure ISCACHE

Ingénieure d'études

UMR 5051

LIEU

TOULOUSE (31)

ORGANISATION

1 jour
De 4 à 10 stagiaires

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

Alternance de cours (4,5 h) et de travaux dirigés (3 h)
En fin de formation, un quizz collectif et commenté sera réalisé pour permettre aux stagiaires de se positionner sur l'atteinte des objectifs de la formation.
Pour le cours, un tutoriel sera remis au stagiaire ; pour les TD, des fichiers au format PDF seront remis au stagiaire.

COÛT PÉDAGOGIQUE

721 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

25217 : le vendredi 14/11/2025 à TOULOUSE

2025
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept Oct Nov
25217
Déc
OBJECTIFS
-

Connaître et comprendre les algorithmes disponibles dans FlowJo pour réaliser une analyse multidimensionnelle non supervisée


-

Connaître les différentes étapes ou "workflow" pour réaliser une analyse non supervisée avec le logiciel FlowJo


-

Présentation et démonstration des différents algorithmes


-

Savoir réaliser une analyse non supervisée complète avec le logiciel FlowJo (du nettoyage des données jusqu'à l'interprétation des résultats)

PUBLICS
Chercheurs, ingénieurs et techniciens pratiquant régulièrement la cytométrie en flux multiparamétriques.
Afin de valider le niveau des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.
PRÉREQUIS
Bonnes connaissances en cytométrie en flux multiparamétriques
Bonnes connaissances du logiciel FlowJo pour le retraitement des données ou avoir suivi la formation "Cytométrie en Flux : retraitement des données avec le logciel FlowJo" ou niveau équivalent
PROGRAMME
Cette formation permet d'initier les stagiaires à l'utilisation des différents algorithmes existants dans FlowJo mais également d'acquérir une méthodologie pour réaliser une analyse non supervisée.

Cours
- Installation des plugins FlowJo :
. où les télécharger, comment les installer ?
- Présentation des différents algorithmes disponibles dans FlowJo : avantages / inconvénients, quels sont les points critiques ?
. nettoyage des données : check sample quality, FlowClean, FlowAI, PeacoQC
. batch effect : CytoNorm, cycombine
. outils de dimension de réduction : t-SNE, UMAP
. outils de clustering : Phenograph, FlowSOM, X-Shift
. outils d'interprétation des résultats : Cluster Explorer

Travaux dirigés
- Installation des plugins FlowJo
- Utilisation et comparaison des différents outils de nettoyage : check sample quality vs FlowClean, FlowAI, PeacoQC
- Utilisation et comparaison des outils de dimension de réduction : t-SNE et UMAP
- Utilisation et comparaison des outils de clustering : Phenograph, FlowSOM
- Utilisation des outils d'interprétation : Cluster explorer
EQUIPEMENT
Il sera demandé aux participants de venir avec leur propre ordinateur.