Formation - Préparer des banques pour les technologies NGS Illumina et Nanopore : séquençage short et long reads

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Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de génomique fonctionnelle de Lyon

- UMR 5242

RESPONSABLES

Benjamin GILLET

Ingénieur de recherche

UMR 5242

Sandrine HUGHES

Chargée de recherche

UMR 5242

LIEU

LYON (69)

ORGANISATION

4 jours
De 4 à 8 stagiaires

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

- Alternance de cours (8 h) et de travaux pratiques et dirigés (18 h)
- TP en binôme avec 1 intervenant pour 2 binômes maximum
En fin de formation, un test d'évaluation d'acquisition des connaissances sera effectué et une correction collective commentée permettra au stagiaire de se positionner sur l'atteinte des objectifs de la formation.
Un support papier sera mis à disposition du stagiaire.

COÛT PÉDAGOGIQUE

2500 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

Nous consulter

2024

Janvier	Février	Mars	Avril
Mai	Juin	Juillet	Août
Sept	Oct 24208	Nov	Déc

OBJECTIFS

Avoir un état de l'art des technologies de séquençage NGS

Savoir identifier les points limitants avant le développement d'un projet de séquençage NGS

Acquérir les compétences pratiques et théoriques pour la réalisation de ses projets NGS

Maîtriser les différentes étapes d'un projet de séquençage NGS : de l'extraction des acides nucléiques à la construction et la validation d'une banque NGS avant séquençage

Maîtriser les équipements et les outils pour la quantification et la qualification des acides nucléiques, la sélection de taille, la construction des banques et le séquençage NGS

PUBLICS

Chercheurs, ingénieurs et techniciens s'intéressant au volet pratique du séquençage NGS
Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.
Prérequis : connaissances de base en biologie moléculaire

PROGRAMME

Module théorique (8 h)
- Les technologies de séquençage Illumina, Pacific Biosciences et Oxford Nanopore Technologies
- Les principales méthodes de construction de banques NGS
- Format des données générées et généralités sur l'analyse primaire des données
- Analyse d'un run de séquençage
- Potentiel des applications de séquençage (illustrations, exemplifications)
Module pratique (16 h)
- Construction de banques à partir d'ADN et d'ARN dans le cadre de la réalisation de projets de séquençage (i. e. génomes bactériens, séquençage d'amplicons, RNA-seq...)
- Illustration avec plusieurs protocoles lors des travaux pratiques : construction de banques par ligation, par PCR, par transposition...
- Production préalable des échantillons (i.e. amplification PCR, extraction des acides nucléiques hmw...) en fonction des protocoles mis en ?uvre
- Quantification et qualification des acides nucléiques
- Contrôle qualité de banques avant séquençage
- Séquençage sur plateforme Illumina (Miseq, NextSeq500) et/ou plateforme Mk1c (Oxford Nanopore Technologies)
- Récupération des données de séquençage et évaluation de la qualité du run
Module interaction (2 h)
Un créneau de 2 h sera réservé à l'analyse de cas exposés par les stagiaires (questions spécifiques, projets propres de séquençage).

EQUIPEMENT

Petit équipement de laboratoire (pipettes, pipet-aid, centrifugeuse...), Thermocycler Veriti, Qubit 4.0, Nanodrop, Tapestation 4150, séquenceurs ONT Mk1c et Illumina (NextSeq500, MiSeq)

INTERVENANTS

B. Gillet (ingénieur de recherche), S. Hughes (chargée de recherche) et personnels de la plateforme de séquençage de l'IGFL

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