Formation - Les étapes pratiques et méthodologiques du séquençage de grands fragments ("long reads") d'ADN et/ou d'ARN

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Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de génomique fonctionnelle de Lyon

- UMR 5242

RESPONSABLES

Benjamin GILLET

Ingénieur de recherche

UMR 5242

Sandrine HUGHES

Chargée de recherche

UMR 5242

LIEU

LYON (69)

ORGANISATION

3 jours
De 4 à 8 stagiaires

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

- Alternance de cours (5 h) et de travaux pratiques et dirigés (15 h)
- TP en binômes avec 1 intervenant pour 2 binômes maximum
En fin de formation, un test d'évaluation d'acquisition des connaissances sera effectué et une correction collective commentée permettra au stagiaire de se positionner sur l'atteinte des objectifs de la formation.
Un support papier sera mis à disposition du stagiaire.

COÛT PÉDAGOGIQUE

1899 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATE DU STAGE

25231 : du lundi 23/06/2025 au mercredi 25/06/2025 à LYON

2025

Janvier	Février	Mars	Avril
Mai	Juin 25231	Juillet	Août
Sept	Oct	Nov	Déc

OBJECTIFS

Avoir un état de l'art des technologies de séquençage NGS, en particulier dans le cadre du séquençage de grands fragments

Savoir identifier les points limitants avant le développement d'un projet de séquençage NGS

Acquérir les compétences pratiques et théoriques pour la réalisation de ses projets NGS

Maîtriser les différentes étapes d'un projet de séquençage NGS : de l'extraction des acides nucléiques, à la construction et la validation d'une banque NGS avant séquençage

Maîtriser les équipements et les outils pour la quantification et la qualification des acides nucléiques, la sélection de taille, la construction des banques et le séquençage NGS

PUBLICS

Chercheurs, ingénieurs et techniciens s'intéressant au volet pratique du séquençage NGS "grands fragments".
Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.
Prérequis : connaissances de base en biologie moléculaire

PROGRAMME

Module théorique (5 h)
- Les technologies de séquençage Illumina, Pacific Biosciences et Oxford Nanopore Technologies
- Les principales méthodes de construction de banques NGS
- Format des données générées et généralités sur l'analyse primaire des données - cas particulier des données Nanopore
- Potentiel des applications de séquençage (illustrations, exemplifications)
Module pratique (12 h)
- Construction de banques à partir d'ADN et/ou d'ARN pour réaliser du séquençage « grands fragments » (e.g. génomes bactériens, génomes mitochondriaux, métagénomique, transcrits complets...)
- Illustration avec deux protocoles mis en ?uvre lors des travaux pratiques
- Production préalable des échantillons (i.e. amplification PCR et/ou extraction des acides nucléiques...) en fonction des protocoles mis en ?uvre
- Quantification et qualification des acides nucléiques
- Contrôle qualité de banques avant séquençage
- Séquençage sur séquenceur MinION
- Récupération des données de séquençage et évaluation de la qualité du run

La dernière demi-journée (3 h) sera consacrée à l'analyse de cas exposés par les stagiaires (questions spécifiques, projets propres de séquençage)

EQUIPEMENT

Petit équipement de laboratoire (pipettes, pipet-aid, centrifugeuse...), Thermocycler Veriti, Qubit 4.0, Nanodrop, Tapestation 4150, Séquenceur ONT MinION

INTERVENANTS

B. Gillet (ingénieur de recherche), S. Hughes (chargée de recherche) et personnels de la plateforme de séquençage de l'IGFL

Avis des stagiaires

"Excellente formation, formateurs très professionnels et compétents. Formation préparée à la carte et qui a répondu parfaitement aux besoins de notre laboratoire." Mouna A., LABOCEA

"Ce cours a completement répondu à mes attentes. Formateurs au top, très disponibles. Bon équilibre entre la théorie et la pratique." Martine E., Grande école

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