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Formation - ImageJ / FIJI : traitement et analyse d'images de microscopie

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Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de biologie intégrative de la cellule

- UMR 9198
RESPONSABLE

Romain LE BARS

Ingénieur de recherche

UMR 9198

LIEU

GIF-SUR-YVETTE (91)

ORGANISATION

3 jours
De 4 à 10 stagiaires

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

Cours interactifs (50 %) et travaux dirigés (50 %) animés par un intervenant pour 5 stagiaires maximum
Tout au long de la formation, des exercices corrigés permettront au stagiaire d'évaluer son acquisition des connaissances.
Un support papier, des fichiers au format PDF et une clé USB seront mis à disposition du stagiaire.

COÛT PÉDAGOGIQUE

1200 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DES SESSIONS

Les informations indiquées pour cette page sont valables pour la première session à venir.
Avant de s'inscrire à une autre session, téléchargez son programme car des modifications mineures peuvent y avoir été apportées.

24161 : du lundi 18/11/2024 au mercredi 20/11/2024 à GIF-SUR-YVETTE

25186 : du mercredi 12/11/2025 au vendredi 14/11/2025 à GIF-SUR-YVETTE

2024
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept Oct Nov
24161		 Déc
2025
Janvier Février Mars Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept Oct Nov
25186		 Déc
OBJECTIFS
-

Maîtriser le logiciel ImageJ afin de pouvoir visualiser et mettre en forme un grand nombre de types de données d'imagerie (images multi-couleurs, séries temporelles, données tridimensionnelles)


-

Acquérir les bases permettant de traiter des images et de les analyser afin de générer des données quantifiables de manière automatique

PUBLIC
Chercheurs, ingénieurs, techniciens
PRÉREQUIS
Avoir des bases de microscopie photonique et de biologie
PROGRAMME
- Introduction à l'analyse d'image et à ImageJ / FIJI :
. rappels sur l'acquisition des images en microscopie
. présentation et prise en main des logiciels ImageJ et FIJI
. visualisation d'images simples ou à plusieurs dimensions (x, y, z, temps, multiples couleurs...)
- Traitement d'images :
. traitement des images post-acquisition
. mise en forme des images pour publication
- Analyse d'images :
. quantification de signaux fluorescents
. détection automatique d'objets et étude morphologique
. notions de colocalisation
- Découverte du langage macro :
. initiation au langage macro
. automatisation de tâches simples
EQUIPEMENT
Il sera demandé aux participants de venir avec leur propre ordinateur.
INTERVENANTS
Laëtitia Besse (ingénieure, Institut Curie MIC-LM, Orsay) et Romain Le Bars (ingénieur, plateforme Imagerie-Gif – I2BC – Gif sur Yvette)
Avis des stagiaires

"J'ai beaucoup aimé le programme de la foramtion, je partais vraiment d'un niveau zero sur ImageJ et avec toutes les techniques qu'on a pu découvrir au cours de cette formation, je vois comment et quelles techniques je vais pouvoir utiliser pour traiter les images que j'obtiendrai dans le cadre de ma thèse. Merci beaucoup pour la disponibilité des intervenants !" Anonyme, CNRS


"Cette formation est essentielle pour que toutes les images soient traitées et analysées correctement et de manière reproductible. Les formatrices sont très compétentes je le recommande totalement" Anonyme