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Formation - Préparer des banques pour les technologies NGS Illumina et Nanopore : les étapes pratiques et méthodologiques appliquées au séquençage short et long reads

Environnement scientifique et technique de la formation

Institut de génomique fonctionnelle de Lyon

- UMR 5242
RESPONSABLES

Benjamin GILLET

Ingénieur de recherche

UMR 5242

Sandrine HUGHES

Chargée de recherche

UMR 5242

LIEU

LYON (69)

ORGANISATION

4 jours
De 4 à 8 stagiaires

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

- Alternance de cours (5 h) et de travaux pratiques et dirigés (15 h)
- TP en binômes avec 1 intervenant pour 2 binômes maximum
En fin de formation, un test d'évaluation d'acquisition des connaissances sera effectué et une correction collective commentée permettra au stagiaire de se positionner sur l'atteinte des objectifs de la formation.
Un support papier sera mis à disposition du stagiaire.

COÛT PÉDAGOGIQUE

2500 Euros

A L'ISSUE DE LA FORMATION

Evaluation de la formation par les stagiaires
Envoi d'une attestation de formation

DATES DES SESSIONS

Les informations indiquées pour cette page sont valables pour la première session à venir.
Avant de s'inscrire à une autre session, téléchargez son programme car des modifications mineures peuvent y avoir été apportées.

25226 : du lundi 17/03/2025 au jeudi 20/03/2025 à LYON

25356 : du lundi 13/10/2025 au jeudi 16/10/2025 à LYON

2025
Janvier Février Mars
25226
Avril
Mai Juin Juillet Août
Sept Oct
25356
Nov Déc
OBJECTIFS
-

Comprendre les technologies de séquençage Illumina


-

Savoir identifier les points limitants avant le développement d'un projet de séquençage


-

Acquérir les compétences pratiques et théoriques pour la réalisation de ses projets NGS


-

Maîtriser les étapes de construction et de validation d'une banque NGS pour être autonome


-

Maîtriser les équipements pour la quantification et qualification des acides nucléiques et la sélection de taille

PUBLICS
Chercheurs, ingénieurs et techniciens intéressés par le volet pratique du séquençage NGS

Afin d'adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l'inscription.
PRÉREQUIS
Connaissances de base en biologie moléculaire
PROGRAMME
Module théorique (5 h)
- La technologie de séquençage Illumina
- Les principales méthodes de construction de banques NGS
- Format des données générées et généralités sur l'analyse primaire des données
- Potentiel des applications de séquençage (illustrations, exemplifications)

Module pratique (12 h)
- Un exemple de construction de banques à partir d'ADN : séquençage de petits génomes
- Un exemple de construction de banques à partir d'ARN : séquençage RNAseq
- Quantification et qualification des ADN et des ARN
- Construction d'une banque à partir d'ADN et d'ARN
- Contrôle qualité de banques avant séquençage
- Séquençage sur plateforme Illumina (NextSeq500)
- Récupération des données de séquençage et critères de validation

La dernière demi-journée (3 h) sera consacrée à l'analyse de cas exposés par les stagiaires (questions spécifiques, projets propres de séquençage)
EQUIPEMENT
Thermocycler Veriti, Qubit, Nanodrop, Tapestation 2200, séquenceur Illumina NextSeq500
INTERVENANTS
B. Gillet (ingénieur de recherche), S. Hughes (chargée de recherche) et personnels de la plateforme de séquençage de l'IGFL
Avis des stagiaires

"Formation enrichissante, qui m'a permis de poser de solide bases nécessaire à la compréhension de la conception des banques au début des analyses bioinfos. Intervenants très disponibles et répondent parfaitement aux interrogations posées." Coralie Z., Organisme de recherche

"Intervenants très à l'écoute de nos problématiques pour répondre à nos questions. Très bonnes qualités pédagogiques des intervenants." Françoise L., Institut de recherche

"Formation de très bonne qualité sur le contenu (théorique et pratique, bonne répartition des différents temps dédié) et l'animation. Bonne complémentarité des formateurs qui ont un background très diversifié de ces techniques." Myriam G., Organisme de recherche